W Nature Matters wcielasz się w rolę małego ducha roślin. Bez ochrony, otoczona miastem, które wyrasta zewsząd, pewnego dnia zdaje sobie sprawę, że jest całkowicie sama i nie będzie w stanie przetrwać. Jedynym rozwiązaniem jest znalezienie jej dozorcy – małego chłopca, który został złapany w wir ludzkiej słabości i przekonanie go, aby zajął się nią ponownie.
